Estrutura
Para implementar seu programa, o CGEO conta com uma estrutura de governação que inclui cinco unidades: a Direção, o Plenário, a Equipa de Assessoria Interna (incluindo um representante de cada membro institucional da gestão, para garantir uma melhor articulação orgânica com o centro), a Equipa de Assessoria Externa e o Painel de Stakeholders.
Direção
A direção reúne-se pelo menos uma vez por mês; inclui o/a Diretor/a do Centro (Maria Helena Henriques, que também assegura as responsabilidades institucionais e a articulação com a gestão central da UC), o ex-diretor (RUI Pena Reis) e 3 vice-diretores que são os investigadores principais de cada um dos três núcleos de investigação: Energia Fóssil e Desenvolvimento Sustentável (Nuno Vaz), Geotecnologia (Ana Castilho) e Quaternário, Adaptações Humanas e Gestão do Território (Luiz Oosterbeek).
Plenário
O plenário inclui todos os investigadores integrados; além de eleger o Diretor, reúne-se uma vez por ano, para fazer o balanço das atividades e prospeção do próximo ano, também com a contribuição de colaboradores do CGEO.
Equipa de Assessoria Interna
A assessoria interna interagirá com o conselho sempre que necessário, para solucionar qualquer necessidade ou dificuldade imprevista; tem ainda a responsabilidade, em conjunto com o conselho de administração, de zelar pela execução do orçamento atribuído, incluindo a articulação da gestão dos fundos que podem divergir ligeiramente entre as instituições envolvidas.
Equipa de Assessoria Externa
A equipa de assessoria externa é composta por académicos de renome que têm acesso aos produtos e resultados do CGEO e produzem uma avaliação sobre estes.
Painel de Stakeholders
O painel de stakeholders inclui parceiros externos do setor académico (por ex.: as Universidades de Santander ou Ferrara) e aqueles relacionados com investigação aplicada e orientada à demanda do público (por ex.: museus) e/ou do setor privado (empresas ou núcleos de empresas, como NERSANT ou KALKULO).