Entre os principais objectivos do Curso permite-se destacar:
a) Conhecer o estado actual da Segurança Alimentar, no Mundo, na União Europeia e, particularmente, em Portugal;
b) Facultar aos estudantes um currículo actual, estimulante e personalizado;
c) Estabelecer sinergias entre a FFUC, Centros de Investigação, Empresas do Sector Alimentar e Entidade Reguladora;
d) Identificar e avaliar os riscos para a saúde pública transmitidos pelos alimentos, incluindo a água, numa perspectiva de prevenção e controlo dos mesmos;
e) Planificar e avaliar programas de HACCP (Análise dos Perigos e Controlo dos Pontos Críticos)
f) Fomentar uma correcta gestão e comunicação de risco na área alimentar
g) Avaliar de forma continuada e permanente a actividade profissional na área da Segurança Alimentar, contribuindo para a melhoria das condições de saúde e da qualidade de vida das populações;
h) Aumentar os conhecimentos no domínio da Segurança Alimentar através de investigação científica pura e aplicada;
i) Estimular a inter- e transdisciplinaridade profissional e promover as relações inter-pessoais;
j) Desenvolver mecanismos internos conducentes à criação de condições para que o percurso académico dos estudantes possa atingir o grau de Mestre.
A estrutura curricular do Curso de 2º Ciclo em “Segurança Alimentar” tem como base um curso de especialização, constituído por um conjunto organizado de unidades curriculares, denominado curso de mestrado, que corresponde a 50 % ou 65% do total de ECTSs do ciclo de estudos, consoante se trate da via científica ou profissionalizante, respectivamente (Artigo 20º do Decreto-Lei n.º 74/2006, de 24 de Março, republicado como anexo do Decreto-Lei nº 107/2008 de 25 de Junho), e assenta nas competências científico-pedagógicas existentes na FFUC. Após o curso de especialização, cada estudante segue um plano individualizado de formação, seja através dos estudos conducentes à elaboração de uma Dissertação de Mestrado, da elaboração de um Projecto ou da realização de um Estágio. O plano individual atrás referido é orientado por Doutor ou por Especialista de mérito reconhecido e aprovado previamente como tal pelo Conselho Científico da FFUC.