Tem como missão promover e aprofundar o conhecimento da realidade portuguesa, de forma a contribuir para o desenvolvimento da sociedade, o reforço dos direitos dos cidadãos e a melhoria das instituições públicas.
A Fundação Francisco Manuel dos Santos toma a iniciativa e patrocina diversos tipos de projetos. Por exemplo, projetos em curso (como a PORDATA, a Base de Dados do Portugal Contemporâneo, ou os “Ensaios de Fundação”) e projetos temporários. Estes últimos podem ser projetos pontuais sobre um tema específico ou podem fazer parte de programas globais com uma estratégia e uma sequência.
As áreas em que a FMS desenvolve e promove investigação incluem: ambiente, ciência, cultura, direitos e deveres, economia, educação, justiça, política, população, questões sociais, saúde
